電子取引データの保存方法|何をいつまでにどう保存するか

・会計・税務・会社のはじめかた編集部(監修:田中 祐介)

「メールのPDF請求書、印刷してファイルに綴じておけばいいですか?」——これは、会社をつくったばかりの方から本当によく出る質問です。結論から言うと、電子でやりとりしたデータは、電子のまま保存しておくのが基本の考え方になります。とはいえ、高価なシステムを入れないと対応できない、という話ではありません。この記事では、何が対象で、いつまでに、どう置いておけばいいのかを、今日から動かせる順番で整理します。

この記事の結論

  • メールやWebサイトで受け取った請求書・領収書などの取引データは、紙に印刷して保存するのではなく、受け取ったデータそのものを電子のまま保存しておくのが原則です。
  • 保存の期限は「何日以内」という日数ルールではなく、法人税の申告期限などから数えて所定の年数(一般に7年、状況により延びることがあります)保存し続けることが求められます。
  • 特別なシステムがなくても、フォルダとファイル名のルールを決め、改ざん防止の社内規程を用意する方法で対応を組み立てられます。

電子帳簿保存法で「何を保存」すればいい?対象になるデータの見分け方

まず押さえたいのは、電子帳簿保存法には大きく3つの柱があるという点です。自社で作る帳簿や決算書類を電子で保存する「電子帳簿等保存」、紙でもらった書類をスキャンして保存する「スキャナ保存」、そして電子でやりとりしたデータを保存する「電子取引」です。前の2つは希望する会社が選んで使う制度ですが、電子取引のデータ保存は、やりとりが発生している以上は避けて通れない部分にあたります。

対象の見分け方はシンプルです。「相手とのやりとりが、紙を介さずに完結したか」を考えてみてください。メール添付のPDF請求書、Web請求書サービスからダウンロードした明細、ネット通販の購入履歴画面や領収書PDF、クレジットカード会社のWeb明細、チャットツールで送られてきた見積書。これらはすべて電子取引にあたると考えて整理しておくと、判断がぶれません。

逆に、郵送で届いた紙の請求書や、店頭で受け取ったレシートは電子取引ではありません。これらは紙のまま保存するか、条件を満たしてスキャナ保存に切り替えるか、という別の話になります。まずは「電子で来たもの」と「紙で来たもの」を分けて考えるところから始めてください。

いつまでに保存する?「何日以内」と「入力期限」の誤解を解く

検索では「電子帳簿保存法 何日以内」「入力期限」といった言葉がよく使われますが、ここには少し混乱があります。日数の期限が問題になるのは、主に紙の書類をスキャンして保存する「スキャナ保存」の場合です。スキャナ保存では、書類を受け取ってからおおむね速やかに読み取ることが求められ、事務処理規程を定めている場合には最長でも一定期間内に、というルールの立て付けになっています。

一方、メールやWebで受け取った電子取引データについては、「受け取ってから◯日以内に保存」といった形の日数制限が中心ではありません。求められているのは、そのデータを消さずに、決められた期間きちんと保存し続けることです。保存期間は、法人であれば申告期限の翌日から起算して原則7年間、欠損金が生じた事業年度などではさらに長くなる扱いがあります。

とはいえ実務では、後回しにするほど探せなくなります。おすすめしたいのは「届いたその日か、遅くとも週に一度、決まった曜日にまとめて保存フォルダへ移す」という運用です。日数の法的期限より、自社が回せるリズムを先に決めてしまうほうが、結果的に抜け漏れが減ります。

保存要件は2つだけ覚える|真実性と可視性

電子取引データの保存要件は、細かく書かれていると難しく見えますが、要は「後から書き換えられていないと言えること(真実性)」と「必要なときに見つけて読めること(可視性)」の2つに整理できます。この2つを満たす道筋がいくつか用意されている、という構造です。

真実性については、タイムスタンプを付ける、訂正削除の履歴が残るシステムや訂正削除ができないシステムで受け取り保存する、といった方法のほか、「正当な理由がない訂正削除の防止に関する事務処理規程」を定めて運用する方法があります。小さな会社が最初に取りやすいのは、この事務処理規程を整える方法です。国税庁がサンプルとなる規程のひな形を公開しているので、自社の実態に合わせて調整してください。

可視性については、パソコンやディスプレイ、プリンタなどを備えて画面と書面にすぐ出せる状態にしておくこと、システムの概要書類を備え付けること、そして「取引年月日」「取引金額」「取引先」で検索できるようにしておくことが軸になります。なお、売上規模などの条件に応じて検索要件が緩和される取扱いがあり、税務調査でデータのダウンロードの求めに応じられるようにしておくことが前提とされる場合があります。自社が該当するかは、国税庁の資料を確認するか、税理士に相談するのが確実です。

システムを入れずに始める|フォルダとファイル名のつくり方

会計ソフトや文書管理サービスを導入していない段階でも、検索要件はファイル名の付け方で満たす考え方が示されています。国税庁の資料でも、ファイル名に日付・金額・取引先を入れておく方法が例示されています。たとえば「20260331_110000_〇〇商事」のように、日付8桁・金額・取引先名をアンダーバーでつなぐ形です。

置き場所は、社内の誰が見ても同じ場所にたどり着けることが大切です。共有ドライブやクラウドストレージに「電子取引データ」という親フォルダを作り、その下を事業年度ごと、さらに必要なら「受領」「発行」で分ける程度がちょうどいい粒度です。担当者ごとのパソコンに散らばっている状態が、いちばん後で困ります。

自社が発行した請求書のデータも忘れがちなポイントです。メールやWeb上で送った請求書は、送った側にとっても電子取引データにあたります。発行システムの中に控えが残る場合はそれで足りることもありますが、サービスの解約や保存期間の上限で消えることがあるので、自社側にも控えを残す運用にしておくと安心です。

今日から進める手順|3ステップで形にする

ステップ1は棚卸しです。1か月分の取引を振り返って、電子で受け取っている書類を洗い出します。メール添付、仕入先のWebポータル、ネット通販、カード明細、経費精算アプリ。どこから何が来ているかを紙一枚に書き出すだけで、対応すべき範囲が見えてきます。

ステップ2はルール決めです。保存先のフォルダ構成、ファイル名の付け方、誰がいつ保存するかの担当と頻度を決めます。あわせて、改ざん防止の事務処理規程を用意する場合は、国税庁のひな形をもとに自社版を作成し、社内で保管しておきます。ひとり社長の会社でも、規程は作っておく意味があります。

ステップ3は運用と見直しです。1〜2か月回してみると、「この取引先のPDFだけ名前が付けにくい」「経費精算アプリの領収書が二重管理になっている」といった詰まりが必ず出ます。そこで初めて、会計ソフトの証憑保存機能や文書管理サービスの導入を検討すると、判断の基準がはっきりします。ツールを選ぶときは、検索要件に対応しているか、訂正削除の履歴が残るか、解約後にデータをどう持ち出せるかを見て、料金や機能の詳細は各社の公式サイトで最新の情報を確認してください。

よくあるつまずきと、判断に迷ったときの順番

「印刷して紙で保存してはいけないのか」という質問をよく受けます。データを電子のまま保存することが原則で、紙に出したものだけを残してデータを消してしまう運用は、求められる形から外れると扱われることがあります。紙で見るほうが便利、という場合は、電子データを残したうえで印刷物を補助的に使う、と考えると整理しやすくなります。

「保存できていなかった分はどうすればいいか」も悩みどころです。過去分を遡って整えられるなら、できる範囲で集めて保存しておくに越したことはありません。保存が適切でない場合の取扱いや、やむを得ない事情があるときの扱いについては個別性が高いため、自己判断せず税理士に状況を伝えて相談してください。

迷ったときの見る順番は、①そのやりとりが電子で完結しているか、②データの原本がどこにあるか(メール/サービス内/ダウンロード済み)、③検索3項目で引けるか、④改ざん防止の手当てがあるか、の4つです。この順で確認すると、たいていの疑問は自分で切り分けられます。制度の細かい要件や自社に適用される緩和措置の有無は、国税庁が公開している電子帳簿保存法の一問一答やパンフレットで確認したうえで、顧問税理士に自社の運用を見てもらうことをおすすめします。バックオフィスは、最初に形を決めてしまえば、あとは淡々と回るようになります。

よくある質問

メールで届いたPDF請求書は、印刷して保存すればよいですか?

電子でやりとりした請求書は、データのまま保存しておくのが原則とされています。印刷した紙だけを残してデータを削除する運用は、求められる保存の形から外れると扱われることがあります。紙で確認したい場合は、データを残したうえで印刷物を併用する形にしておくと安心です。

電子取引データは何日以内に保存しなければいけませんか?

電子取引データについては「◯日以内」という日数の期限が中心ではなく、決められた期間(法人は原則として申告期限の翌日から7年間、状況によりさらに長くなることがあります)保存し続けることが求められます。日数の入力期限が問題になるのは、主に紙をスキャンして保存するスキャナ保存の場合です。実務上は、届いた週のうちにまとめて保存する習慣をつくると抜け漏れが減ります。

専用システムを入れないと保存要件を満たせませんか?

必ずしもそうではありません。ファイル名に日付・金額・取引先を入れて共有フォルダに保存し、訂正削除の防止に関する事務処理規程を備える方法が、国税庁の資料でも例示されています。取引量が増えて手作業が追いつかなくなった段階で、会計ソフトの証憑保存機能などの導入を検討するとよいでしょう。

自社が発行してメール送信した請求書も保存が必要ですか?

送信した側にとっても電子取引にあたるため、控えとなるデータを保存しておく必要があると考えられます。請求書発行サービス内に控えが残る場合もありますが、保存期間の上限や解約でアクセスできなくなることがあるため、自社側にもコピーを残す運用が安心です。自社の状況に合う保存方法は、顧問税理士に確認してください。

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この記事は一般的な情報をまとめたものです。税務・法務・労務の個別の判断については、税理士・弁護士・社会保険労務士などの専門家にご相談ください。 料金や条件は変わることがあるため、お申し込み前に必ず各サービスの公式サイトで最新の内容をご確認ください。