電子帳簿保存法と税務調査｜データの提示を求められたときの備え

税務調査で電子帳簿保存法はどこを見られるのか

税務調査は、電子帳簿保存法そのものを取り締まるために行われるわけではありません。あくまで所得や消費税などの申告内容が正しいかを確認するのが目的で、その裏付けとして帳簿と証ひょう（請求書・領収書・契約書など）を確認します。証ひょうが電子データで保存されているなら、その電子データを見せてください、という流れになります。

そのため調査官が確認するのは、大きく分けて「見たい取引の資料が残っているか」「それをすぐ取り出せるか」「後から書き換えられていないと言えるか」の3点です。システムの名称や高機能さが問われるというよりも、求められた資料に実際にたどり着けるかどうかが実質的な論点になります。

なお、保存方法の細かな要件や最新の取扱いは所管官庁（国税庁）の資料で更新されることがあります。自社の運用が要件を満たしているかの最終確認は、国税庁の公表資料と顧問税理士への確認をおすすめします。

「ダウンロードの求め」に応じられる状態とは

電子取引データの保存では、税務職員から求められたときにデータを提出できる状態（いわゆるダウンロードの求めへの対応）が前提とされる場面があります。ここで言う提出は、画面を見せるだけでなく、データそのものをコピーして渡せることを指すと理解しておくと安全です。

実務上つまずきやすいのは、クラウドサービスや会計ソフトの中にデータは入っているものの、一括で書き出す方法を誰も知らない、というケースです。年に一度でよいので、任意の期間を指定してPDFや元データを取り出す練習をしておくと、調査当日に慌てずにすみます。

メールに添付された請求書、ECサイトの購入履歴、決済サービスの明細など、保存場所が分散しているものほど取り出しに時間がかかります。どこに何が入っているかを1枚のメモにまとめておくだけでも、当日の対応はかなり楽になります。

調査前に整えておきたい3つの準備

ひとつめは、保存場所の一覧です。電子取引データをどのフォルダ・どのサービスに、どんな命名ルールで保存しているかを書き出します。「請求書はクラウド会計のファイル管理」「交通系ICの明細は経費精算サービス」といった粒度で構いません。担当者が自分ひとりでも、書き出す作業を通じて抜けに気づけます。

ふたつめは、検索できる状態です。取引年月日・取引金額・取引先の3つで探せるようにしておくのが基本の考え方で、ファイル名にこの3要素を入れる方法と、システムの検索機能に任せる方法があります。どちらを採っているかを自分の言葉で説明できるようにしておきましょう。

みっつめは、社内ルールの文書化です。改ざん防止の方法としてタイムスタンプやシステムの訂正削除履歴を使っていない場合、事務処理規程を定めて運用する方法が案内されています。規程のひな形は国税庁のサイトに掲載されているため、自社の実態に合わせて整える形が現実的です。

データが要件どおりに保存できていなかったら

まず落ち着いて考えたいのは、保存要件を満たしていないことが、そのまま追徴課税に直結するわけではないという点です。実際の課税は、申告した所得や仕入税額控除の内容が正しいかどうかで判断されます。保存の不備があっても、取引の事実が他の資料から確認できる場合には、その点を含めて判断されることがあります。

一方で、保存が不十分だと、経費や仕入税額控除の裏付けを自分で示しにくくなります。結果として否認され、修正申告や更正につながることは考えられます。つまり保存は「ルールだから」ではなく、自社の主張を守る材料としてそろえておくもの、と捉えると優先順位がつけやすくなります。

不備に気づいた時点でできるのは、①今後の運用を直す、②過去分について取り出せる範囲で復元・整理する、③対応の経緯を記録に残す、の3つです。過去分をどこまでさかのぼって整えるべきかは事業規模や取引量によって変わるため、税理士と相談して現実的な線を決めるのが無理のない進め方です。

電子データと重加算税の加重措置について

電子取引データやスキャナ保存されたデータについて、隠蔽・仮装があったと認められる場合に、重加算税が加重される取扱いが設けられています。データは書き換えや差し替えが容易だという前提から、より厳しく扱われる仕組みだと理解しておくとよいでしょう。

ここで問題になるのは、単なる保存漏れやファイル名の付け忘れではなく、意図的に金額を書き換える、架空の請求書データを作る、といった行為です。ただし、外形的に「差し替えたように見える」状態は疑いを招きやすいため、訂正が必要になったときは、元データを残したうえで訂正版を追加保存し、理由をメモに残す運用にしておくと説明がしやすくなります。

重加算税が課されるかどうかは個別の事実関係で判断されるものであり、この記事の説明だけで結論を出すことはできません。心当たりがある場合ほど、早い段階で税理士に相談し、必要に応じて弁護士の関与も検討してください。

調査当日の立ち回りと、迷ったときの相談先

調査当日は、求められた資料をその場ですべて出そうと急ぐ必要はありません。保存場所がすぐ分からないものは「確認してご提出します」と伝え、期限を決めて対応する形が一般的です。曖昧なまま口頭で答えるより、データと突き合わせてから回答するほうが、結果的に話が早く進みます。

また、税務代理を依頼している税理士がいる場合は、日程調整の段階から共有し、立ち会いを依頼するのが基本です。電子データの提出範囲や方法について疑問があるときも、その場で自己判断せず、いったん持ち帰って確認する余地を残しておきましょう。

電子帳簿保存法の要件は、国税庁の一問一答などで随時整理されています。自社の保存方法が要件に沿っているか、過去分をどこまで整えるか、重加算税のリスクをどう見るかといった判断は、事実関係によって答えが変わります。顧問税理士、税務調査の対応経験がある税理士に、自社の保存フローを見せたうえで確認することをおすすめします。

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