インボイス制度の経過措置スケジュール｜令和8年以降の変更点

インボイス制度の経過措置はいつまで続く？時系列で整理

インボイス制度（適格請求書等保存方式）は令和5年10月1日に始まりました。その際、適格請求書を発行できない事業者からの仕入れについて、いきなり仕入税額控除がゼロになると影響が大きいため、段階的に縮小していく経過措置が設けられています。

大きな流れは三段階です。令和5年10月1日から令和8年9月30日までが第一段階、令和8年10月1日から令和11年9月30日までが第二段階、そして令和11年10月1日以降は経過措置が終了し、原則どおりの取扱いに移行する、という構成になっています。

つまり「いつまで」の答えは、控除の割合が変わる節目が令和8年10月1日、経過措置そのものが終わるのが令和11年10月1日、という二段構えです。今は第一段階の終わりが目前という位置づけになります。具体的な割合や適用要件は、国税庁が公表しているインボイス制度に関する資料で最新版をご確認ください。

令和8年10月1日に何が変わるのか

令和8年10月1日からの変更点は、適格請求書を発行できない相手からの課税仕入れについて、仕入税額控除として認められる割合が第一段階より小さくなることです。第一段階では仕入税額相当額のうち大きめの割合が控除対象とされ、第二段階ではその割合がさらに引き下げられる、という設計になっています。

実務で影響が出るのは、免税事業者やインボイス登録をしていない個人事業者への外注費、家賃、少額の備品購入などです。これまでと同じ金額を支払っていても、会社が負担する消費税額は増える方向に動きます。

ここで注意したいのは、判定の基準が「支払日」ではなく取引の課税仕入れをいつ行ったかという点です。令和8年9月末をまたぐ取引は、どちらの段階に属するのかで処理が変わることがあるため、期またぎの請求分は個別に確認しておくと安心です。判断に迷うものは税理士にご確認ください。

自社に影響があるかを見分ける順番

まず見るのは、自社が消費税の納税義務者かどうかです。免税事業者であれば、そもそも仕入税額控除の計算を行わないため、経過措置の割合変更が直接の論点にはなりません。この場合は、取引先から登録事業者になるよう求められた場合の対応のほうが先の検討事項になります。

次に、課税事業者であれば、簡易課税制度や2割特例を使っているかを確認します。これらは売上側の消費税額をもとに計算する方法のため、仕入先が登録事業者かどうかによる影響を受けにくい構造になっています。逆に、原則課税（一般課税）で申告している会社は、経過措置の割合変更が納税額に直結します。

最後に、原則課税の会社は、取引先リストを登録番号の有無で分けてみてください。登録番号のない支払先がほとんどない会社であれば、影響は限定的です。外注比率が高い、個人への支払いが多い、不動産の賃料を個人オーナーに支払っている、といった場合は、令和8年10月以降の負担増を事前に見積もっておく価値があります。

2割特例と少額特例はいつまで使えるか

2割特例は、インボイス制度を機に免税事業者から課税事業者になった人向けの負担軽減措置で、売上にかかる消費税額を基準に納付額を計算する方法です。適用できるのは令和8年9月30日を含む課税期間までとされており、個人事業者であれば令和8年分の申告が最後の適用年となる、という整理が一般的です。法人は事業年度によって最終回が異なるため、自社の決算月に当てはめて確認してください。

少額特例は、一定規模以下の事業者が、税込金額の小さい課税仕入れについて適格請求書の保存がなくても帳簿の保存で仕入税額控除を認めるという措置です。こちらは令和11年9月30日までの課税仕入れが対象とされており、2割特例より長く続きます。基準期間の課税売上高などの要件があるため、対象になるかは国税庁の資料で確認してください。

実務上は、「2割特例が終わったあと、原則課税と簡易課税のどちらで申告するか」の検討が次のテーマになります。簡易課税を選ぶ場合は届出の提出期限があり、原則として適用を受けたい課税期間の開始前までに提出が必要です。期限を過ぎると翌期まで待つことになるため、早めの検討をおすすめします。

令和8年度税制改正の情報はどこで確認するか

毎年12月ごろに与党の税制改正大綱が公表され、翌年の通常国会で法案が成立して内容が確定する、という流れが一般的です。インボイス制度についても、事務負担の軽減策や運用の見直しが議論の対象になることがあります。

ただし、大綱の段階の内容は確定した制度ではありません。ニュースやまとめ記事の情報だけで処理を変えるのではなく、財務省や国税庁が公表する資料、顧問税理士からの案内で確定内容を確認してから動くほうが安全です。

確認する順番としては、国税庁のインボイス制度特設サイトで公表されているQ&Aやパンフレットの改訂版を見るのが基本です。会計ソフトを使っている場合は、ソフト側の対応方針のお知らせも合わせて見ておくと、設定変更のタイミングを逃しにくくなります。

令和8年10月に向けて、今から準備しておくこと

第一に、会計ソフトの税区分の設定です。経過措置の段階が変わると、入力時に選ぶ税区分も変わります。多くのソフトは日付に応じて自動で切り替わる作りになっていますが、切替後の最初の月は、試算表で消費税額が想定どおりに計算されているかを目視で確認しておくと安心です。

第二に、取引先の登録状況の棚卸しです。請求書に登録番号があるか、途中で登録した先がないかを、直近の請求書で確認します。登録番号は国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトで検索できますので、金額の大きい取引先から順に確認していくと効率的です。

第三に、契約や単価の見直しが必要かどうかの検討です。負担が増えるからといって一方的に支払額を引き下げると、取引上の問題に発展することがあります。価格交渉を行う場合は、事前に相談し、合意内容を書面に残す形が望ましいとされています。

なお、消費税の計算方法の選択、経過措置の適用可否、契約条件の見直しは、会社の状況によって判断が分かれます。自社のケースで迷う部分は、顧問税理士に、契約条件の変更に関わる部分は弁護士にご相談ください。

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