従業員の住民税 特別徴収の手続き｜会社設立後にやることと納期の特例
会社をつくって人を雇うと、給与から所得税だけでなく住民税も天引きすることになります。ところが住民税は所得税と違い、会社側が税額を計算するのではなく、市区町村から届く通知のとおりに引くという仕組みです。この記事では、会社設立後に住民税の特別徴収を始めるための手続きを、いつ・何を・どこに出すかの順に整理します。
この記事の結論
- 従業員の住民税を給与天引きする特別徴収は、原則として給与を支払う会社が行う扱いとされており、従業員が住む市区町村ごとに手続きを進めます。
- 年の途中で入社した従業員を普通徴収から切り替える場合は、本人が住む市区町村に「特別徴収への切替申請書」にあたる書類を提出するのが基本的な流れです。
- 従業員が少ない会社は、住民税の納付を年2回にまとめる「納期の特例」を申請できる場合があり、適用には市区町村の承認が必要です。
住民税の特別徴収とは何か、所得税の源泉徴収と何が違うのか
特別徴収とは、会社が従業員の給与から住民税を天引きし、従業員に代わって市区町村へ納める方法です。給与を支払う会社は特別徴収義務者として扱われるのが原則とされており、従業員が自分で納付書を使って納める普通徴収は、例外的な取り扱いと位置づけられています。
所得税の源泉徴収と大きく違うのは、税額を会社が計算しないという点です。住民税は前年の所得をもとに市区町村が計算し、会社あてに「特別徴収税額の決定通知書」が送られてきます。会社はその通知に書かれた月ごとの金額を、そのまま給与から差し引くことになります。
もうひとつの違いは時期です。住民税の特別徴収は、その年の6月から翌年5月までを1年度として動きます。前年の所得に対する税金を後から納める形になるため、入社1年目の従業員には天引きする住民税がない、という状況も起こります。
会社設立後、最初にやること：給与支払報告書と特別徴収の届出
まず押さえたいのは、特別徴収を始めるきっかけが2種類あるということです。ひとつは毎年1月に提出する給与支払報告書、もうひとつは年の途中に行う切替の申請です。設立したばかりの会社は、この両方を経験することになります。
年末調整を行った翌年の1月末までに、前年に給与を支払った従業員について、その人が1月1日時点で住んでいる市区町村に給与支払報告書を提出します。提出先は従業員ごとに異なるため、住んでいる自治体が分かれていればその数だけ送ることになります。この報告書をもとに市区町村が住民税を計算し、5月ごろに会社あてへ税額の通知が届き、6月支給の給与から天引きが始まるという流れです。
なお、設立にあわせて税務署へ「給与支払事務所等の開設届出書」を出しているはずですが、これは所得税の手続きであり、住民税の特別徴収とは別のものです。住民税は市区町村ごとの手続きになる、と分けて覚えておくと混乱しません。具体的な様式や提出方法は自治体によって異なるため、各市区町村の公式サイトで確認してください。
年の途中で入社した人を普通徴収から特別徴収に切り替える手続き
中途入社の従業員が、前職を辞めたあと自分で納付書を使って住民税を納めている場合、会社が特別徴収に切り替えることができます。このときに使うのが「特別徴収切替届出書」「特別徴収への切替申請書」などと呼ばれる書類で、提出先は従業員が1月1日時点で住んでいた市区町村です。
手順は、入社時に本人から住民税の納税通知書や納付書を見せてもらうところから始まります。そこに書かれた年度・税額・すでに納めた期別を確認し、まだ納期が来ていない分を特別徴収に振り替える形で申請します。すでに納期限が過ぎた分は原則として本人が納めることになるため、どこから切り替わるかを本人にも伝えておくと行き違いが減ります。
前職から転職してきた人の場合は、前の会社が「給与所得者異動届出書」を提出し、その中で新しい勤務先へ引き継ぐ手続き（特別徴収の継続）をとることもあります。この場合は本人と前職に、どちらの方法で処理されるのかを早めに確認しておきましょう。
切替の申請から会社あてに通知が届くまでには一定の時間がかかります。通知が届く前に勝手に見込み額を天引きすると、あとで金額が合わなくなります。通知が届いてから天引きを始めるのが基本と考えてください。
納期の特例：従業員が少ない会社が使える納付回数のまとめ方
特別徴収した住民税は、原則として天引きした月の翌月10日までに市区町村へ納めます。毎月の納付は、従業員が少ない会社ほど手間の割に負担感が大きいものです。そこで、給与の支払いを受ける人が常時一定人数以下の事業所については、年2回にまとめて納付できる「納期の特例」が設けられています。
対象となる人数の基準や申請様式は市区町村が定めており、申請書を提出して承認を受けることで適用されます。所得税にも似た名前の納期の特例がありますが、税務署に出す所得税の手続きとは別に、住民税は市区町村ごとに申請が必要です。両方を使いたい場合は、それぞれ手続きすることになります。
判断の順番としては、まず従業員数が基準に収まるかを自治体のサイトで確認し、収まるなら申請を検討します。ただし、まとめ払いは一度に納める金額が大きくなります。資金繰りの波が大きい会社や、口座残高の管理が属人的になっている会社は、あえて毎月納付のままにするという選択も現実的です。人数が増えて基準を外れた場合は届出が必要になる点にも注意してください。
退職・転職・住所変更があったときの異動届出書
従業員が退職したときは、会社が特別徴収を続けられなくなるため、「給与所得者異動届出書」を市区町村に提出します。提出期限は退職した月の翌月10日ごろとされていることが多く、自治体の案内で確認してください。
退職時に残っている住民税の扱いは3通りあります。ひとつは本人が普通徴収に切り替えて自分で納める方法、もうひとつは最後の給与や退職金からまとめて差し引く一括徴収、そして転職先が決まっている場合に新しい会社へ引き継ぐ方法です。1月から4月に退職する場合は一括徴収の取り扱いが定められていることがあるため、退職時期によって対応が変わります。
どれを選ぶかは本人の希望と支給額しだいです。最後の給与が少なく一括徴収しきれないこともあるので、退職の話が出た時点で本人に確認し、届出書に選んだ方法を記載します。従業員が引っ越して市区町村が変わった場合は、その年度の途中では納付先は変わらないのが一般的ですが、翌年度以降の取り扱いを含めて自治体に確認しておくと安心です。
ひとり社長・役員だけの会社はどうなるか
役員報酬も給与として扱われるため、社長ひとりの会社でも住民税の特別徴収の対象になり得ます。設立1年目で前年に給与所得がなかった場合や、前年の所得に対する住民税をすでに普通徴収で納めている場合は、実務上は翌年度から特別徴収が始まるという流れになりやすいです。
一方で、役員報酬をゼロにしている会社や、給与の支払いがない期間は、そもそも天引きするものがありません。この場合も給与支払報告書の提出要否は変わる可能性があるため、自社の状況を税理士に確認してから判断すると確実です。
ひとりの会社であっても、納期の特例の申請、退職時の異動届など、手続きの考え方は従業員がいる会社と同じです。人を雇う前に流れを一度通しておくと、採用したときに慌てずにすみます。
迷ったら専門家に相談する
住民税の特別徴収は、給与計算・年末調整・社会保険の手続きと密接につながっています。特に、中途入社や退職が重なる時期、給与の締め日と支払日を変更したとき、賞与の扱いなどは、自社だけで判断すると処理が食い違いやすい場面です。
給与支払報告書や年末調整に関する取り扱いは税理士に、入退社にともなう労務手続き全般や給与計算の運用は社会保険労務士に相談するのが一般的です。様式や人数の基準は市区町村によって異なるため、まずは従業員が住む自治体の公式サイトで最新の案内を確認したうえで、判断に迷う部分を専門家に確認してください。
よくある質問
従業員が自分で納めたいと言っています。普通徴収のままにできますか。
給与を支払う会社は特別徴収義務者として扱われるのが原則とされており、本人の希望だけで普通徴収を選べるとは限りません。給与が少ない、勤務が短期であるなど、自治体が定める一定の事由に当てはまる場合に例外が認められることがあります。該当するかどうかは、従業員が住む市区町村の案内を確認してください。
入社したばかりの新卒社員からも住民税を天引きしますか。
住民税は前年の所得をもとに計算されるため、前年に所得がほとんどない新卒社員は、入社1年目に天引きする住民税が発生しないことがあります。通常は翌年度の6月支給分から特別徴収が始まる形になります。市区町村から税額の通知が届いてから天引きを開始してください。
納期の特例を申請すると、いつから年2回の納付になりますか。
申請書を提出し、市区町村の承認を受けたあとの期間から適用されるのが一般的です。申請の時期によって、どの納付分から対象になるかが変わるため、提出前に自治体の案内で開始時期を確認しておくと安心です。様式や人数の基準も自治体ごとに定められています。
特別徴収の手続きを忘れていた場合はどうすればよいですか。
気づいた時点で、従業員が住む市区町村に相談し、切替の申請や必要な届出を進めるのが基本です。未納が生じている場合は延滞金などの取り扱いが問題になることがあるため、早めの連絡が大切です。過去分の処理が絡むときは、税理士にも状況を伝えて対応を確認してください。