一人社長の年末調整と源泉徴収｜自分の源泉徴収票と確定申告の要否

一人社長でも年末調整と源泉徴収が必要なのはなぜ？

会社が個人に給与（役員報酬を含む）を支払うとき、その会社は所得税を天引きして国に納める「源泉徴収義務者」になります。社員が社長ひとりだけでも、役員報酬を支払っていればこの仕組みの対象です。つまり、会社が社長に報酬を払い、会社が社長の所得税を預かって納める、という二役を一人でこなすことになります。

そして年末には、1年間に預かった所得税と、本来納めるべき税額とのズレを精算する手続きが年末調整です。給与をもらう人は原則として勤務先で年末調整を受けるため、ひとり社長も「会社として自分の年末調整をする」流れになります。ここを飛ばすと、税額が精算されないままになり、あとから確定申告で調整する必要が出てきます。

逆に、役員報酬をゼロに設定していて給与の支払い自体がない場合は、源泉徴収も年末調整も発生しません。ただし報酬をゼロにするかどうかは社会保険や資金繰りにも影響するため、設定を変える前に税理士に相談しておくと安心です。

毎月やること｜役員報酬からの源泉徴収と納付の流れ

まず、社長本人に「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を書いてもらいます。書いてもらう、といっても提出先は会社（＝自分）で、税務署に出すのではなく会社で保管する書類です。これが提出されているかどうかで、毎月天引きする税額の計算に使う区分が変わるため、入社時（会社設立時）と毎年はじめに用意しておきます。

毎月の流れは、①役員報酬の額を決める（原則として期首から一定期間内に決め、期中は変えない運用が一般的です）、②源泉徴収税額表にあてはめて天引きする所得税額を出す、③給与明細を作って報酬を振り込む、④預かった所得税を納付する、の順です。納付は原則として支払った月の翌月10日までですが、給与の支払い人数が少ない会社は、申請により年2回にまとめる特例を選べる場合があります。この特例を使いたいときは、事前に税務署へ申請書を出しておきます。

住民税は所得税とは別の仕組みです。会社が天引きして納める特別徴収と、社長個人が納付書で納める普通徴収があり、どちらになるかは市区町村からの通知で決まります。設立初年度は普通徴収のままということも多いので、通知が届いたら確認してください。

給与明細と賃金台帳は一人社長でも作るべき？

結論としては、作っておくことをおすすめします。給与明細は、支給額・源泉所得税・社会保険料などの内訳を示す記録で、年末調整の計算や、金融機関・行政への説明が必要になった場面で根拠になります。ひとり社長だと「自分が知っているから不要」と考えがちですが、あとから1年分を再現するのは想像以上に手間です。

賃金台帳は、労働基準法で事業主に備え付けが求められている帳簿で、氏名・支払日・労働日数・支給額などを記録します。役員のみの会社での扱いは実態によって判断が分かれる部分もありますが、報酬額の推移を残しておく意味は大きく、源泉徴収簿とあわせて作っておくと年末調整がぐっと楽になります。

実務上は、給与計算ソフトやクラウド会計の給与機能を使うと、明細・賃金台帳・源泉徴収簿・源泉徴収票が連動して出力されます。ひとり分でも、税額表の参照ミスを減らせるのが利点です。どのサービスを選ぶかは、すでに使っている会計ソフトとの連携、社会保険の電子申請まで対応するか、で絞り込むと判断しやすくなります。料金やプランの内容は変わるため、各社の公式サイトで最新の情報をご確認ください。

12月にやること｜一人社長の年末調整の手順

用意するものは、①扶養控除等（異動）申告書、②基礎控除・配偶者控除等・所得金額調整控除の申告書、③保険料控除の申告書と、生命保険料・地震保険料の控除証明書、④小規模企業共済等掛金やiDeCoの証明書、⑤住宅ローン控除を受ける場合の関係書類、⑥1年分の給与明細または源泉徴収簿です。控除証明書は秋ごろから順に届くので、専用のファイルに集めておくと12月に慌てません。

手順は、①1年間の役員報酬総額と源泉徴収済み税額を集計する、②各種申告書をもとに控除額を計算する、③年税額を確定し、毎月天引きした合計との差額を出す、④12月または1月の報酬で還付・追徴を精算する、⑤源泉徴収票を作成する、という流れです。差額の精算とあわせて、納付書の金額も調整します。

前職がある年は、前職の源泉徴収票を合算して年末調整します。年の途中で会社をつくり、それ以前に勤務先の給与があった場合は、その源泉徴収票を取り寄せてから進めてください。手元に揃わないときは、会社での年末調整をせずに、社長個人の確定申告で精算する方法もあります。

自分の源泉徴収票はどう作る？提出先と期限

源泉徴収票は、会社が給与の支払いを受けた人に交付する書類です。ひとり社長の場合は、会社（自分）が作成し、本人（自分）に交付する形になります。市販の様式や給与ソフトの出力機能、国税庁サイトの様式を使って作成でき、記載するのは支払金額、給与所得控除後の金額、所得控除の合計額、源泉徴収税額、社会保険料の額、扶養親族の情報などです。

提出先は2か所を意識します。ひとつは、社長が1月1日時点で住んでいる市区町村への「給与支払報告書」で、これは原則として翌年1月末が期限です。もうひとつは税務署で、役員の場合は支払金額が一定額を超えるときに源泉徴収票の提出が必要とされています。基準額は制度改正で変わることがあるため、その年の国税庁の案内を確認してください。

本人交付分は、住宅ローンの審査や個人の確定申告で使うことがあります。データで保管する場合は、電子帳簿保存法の考え方にも関わるため、保存方法の要件は国税庁の資料を確認するか、顧問税理士に相談しておくと安心です。

年末調整をしたら確定申告は不要？必要になるケース

年末調整で精算が済んでいれば、社長個人の確定申告は不要となることが多いです。ただし、次のようなケースでは確定申告が必要、または申告したほうが有利になることがあります。①給与以外の所得（副業、原稿料、不動産、株式の一部など）が一定額を超える、②2か所以上から給与を受けている、③医療費控除・寄附金控除（ふるさと納税のワンストップ特例を使わない場合）・住宅ローン控除の初年度、④給与収入が高額で年末調整の対象外となる、⑤年末調整に間に合わなかった控除がある、といった場合です。

判断に迷ったら、この順で見ていくと整理しやすくなります。まず「給与以外の収入があるか」、次に「年末調整で入れられなかった控除があるか」、最後に「複数から給与を受けていないか」。ひとつでも該当すれば、確定申告の検討対象です。該当しなければ、年末調整のみで完了するケースが一般的です。

なお、会社としての法人税申告は、社長個人の確定申告とはまったく別の手続きです。事業年度終了から原則2か月以内に法人税・地方税・消費税（課税事業者の場合）の申告が必要で、こちらは年末調整の有無にかかわらず行います。個人と法人の期限を混同しないよう、カレンダーに分けて書き込んでおくとよいでしょう。

つまずきやすいポイントと、専門家に相談する目安

よくあるつまずきは、①源泉徴収を忘れて満額を振り込んでしまう、②納付期限を過ぎて加算税等の対象になる、③控除証明書を紛失して年末調整に間に合わない、④役員報酬を期中に変更して損金算入の扱いで指摘を受ける、の4つです。特に④は法人税の計算に影響するため、報酬額を動かす前に確認しておきたいところです。

控除証明書を紛失した場合は、保険会社などに再発行を依頼できることが多いですが、12月に間に合わないなら、その控除だけを確定申告で反映する方法もあります。納付を忘れていたことに気づいたときは、放置せず早めに税務署へ相談するほうが影響を小さくしやすいです。

役員報酬の金額設定、社会保険との兼ね合い、源泉徴収票の税務署提出要否、副業所得がある場合の申告区分などは、個々の事情で扱いが変わります。判断に迷う部分は税理士に、社会保険や労務書類の整備については社会保険労務士にご相談ください。設立初年度に一度プロの目を通しておくと、翌年以降は自分で回しやすくなります。

よくある質問